O ensino superior público foi implantado na cidade de Rio Claro em 1958 com a instalação da Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Rio Claro, integrada na UNESP em 1977. No Instituto de Biociências da UNESP, o curso de Licenciatura em Educação Física, criado em 1984, foi segundo curso público a surgir nas universidades estaduais paulistas. Em 1989, a reestruturação curricular desdobrou as formações em Bacharelado e Licenciatura em Educação Física.

Em 1991 foi criado o curso de mestrado no programa de Pós-Graduação em Ciências da Motricidade e, em 2000 teve início o curso de doutorado no mesmo programa. A qualidade do programa rendeu rapidamente o credenciamento na CAPES e o atual conceito 5.0.

O compromisso do corpo docente e discente com as atividades científica e profissional levou o DEF a criar em 1987 o Simpósio Paulista de Educação Física. Em 1999 o evento é emparelhado ao Congresso Internacional de Educação Física e Motricidade Humana. Ambos eventos são organizados a cada dois anos e contam com a presença de pesquisadores nacionais e internacionais, tanto com profissionais como estudantes da área.

Nos últimos anos o DEF hospedou outros inúmeros eventos científicos de abrangência nacional e internacional.

- VI Congresso Brasileiro de Atividade Motora Adaptada

- I Congresso Internacional de Biodinâmica da UNESP

Além dos eventos científicos, o DEF investe em um importante projeto científico, a Revista Motriz. Desde 1995 o DEF publica a Revista Motriz cuja meta é divulgar artigos experimentais, relatos de experiência, pontos de vista e resumos de dissertações e teses.

Nos último seis anos, o DEF também tem apoiado a publicação da revista da Sociedade Brasileira de Atividade Motora Adaptada. Da mesma sociedade, o DEF apóia a publicação da revista profissional Adapta.

A preocupação com o desenvolvimento científico profissional pelo DEF levou a preparação do intercâmbio/cooperação internacional com a Universidade da Florida, em Gainesville, EUA em 2004. Atualmente o processo encontra-se em fase de análise nos colegiados da UNESP.