O Departamento de Ecologia foi criado através da Resolução UNESP 5/77, de 06/04/1977, como consequência do trabalho e iniciativa dos professores Sâmia Maria Tauk Tornisielo e Leopoldo Magno Coutinho (docente da USP e colaborador junto ao Instituto de Biociências). Esteve desde seu início intensamente envolvido com os Cursos de Graduação do Instituto de Biociências e mais diretamente com o Curso de Ecologia, criado em 1976. No período de 1978 a 1980, o quadro de docentes foi significativamente ampliado de modo a contemplar as várias áreas de abrangência da Ecologia, o que efetivou o Departamento enquanto unidade de pesquisa e ensino.

Após esse período, o Departamento de Ecologia passou por várias alterações na sua constituição, com a ampliação do quadro técnico-administrativo e a participação de vários docentes, muitos dos quais prestaram inestimáveis contribuições na docência e na pesquisa e em serviços técnicos, e hoje desempenham suas atividades em outras Instituições.

A participação do Departamento de Ecologia nas atividades de ensino, pesquisa e extensão de serviços à comunidade intensificou-se ao longo de sua história. A Sra. Sandra Gomes da Costa foi a primeira bolsista a desenvolver suas atividades nas dependências do Departamento, sob orientação da Profa. Dra. Sâmia Maria Tauk Tornizielo, no início da década de 80. Hoje, os orientados em iniciação científica, mestrado e doutorado somam 155.

Docentes e suas equipes desenvolvem pesquisas em áreas diversas do campo da Ecologia:
Ecologia de Populações: Ecologia de Insetos Sociais; Manejo de Estoques Pesqueiros.

Ecologia de Comunidades: Interações entre Plantas e Animais (Polinização, Herbivoria, Frugivoria e Dispersão de Sementes)

Ecossistemas Terrestres: Ciclagem de Nutrientes; Recuperação de Áreas Degradadas; Avaliação de Impactos Ambientais.

Ecologia e Planejamento Urbano

Limnologia: Poluição Orgânica em Rios; Ecologia de Macrófitas Aquáticas; Limnologia e Fisiografia de Bacias Hidrográficas; Microbiologia Aquática.

Conservação da natureza: Unidades de Conservação; Gerenciamento e manejo de áreas silvestres.

Etnobotânica

Controle Biológico

Toxicologia e Sistemas Agrícolas Tradicionais

Direito Ambiental: Direito Ambiental Brasileiro e Internacional
Muitos projetos são financiados por Instituições como FINEP, FAPESP, CNPq, FUNDAÇÃO BOTICÁRIO, FUNDAÇÃO MacARTHUR, BIRDLIFE, WILDLIFE CONSERVATION SOCIETY, W.W.F.
No ensino de pós-graduação os docentes do Departamento orientam em diferentes programas, entre outros, Curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas  - Áreas de concentração: Biologia Vegetal e Zoologia (IB-UNESP-Rio Claro), Curso de Pós-Graduação em Geografia – Áreas de concentração: Análise da Informação Espacial e Organização do Espaço (IGCE-UNESP-Rio Claro), Curso de Pós-Graduação em Geociências – Área de concentração: Geociências e Meio Ambiente (IGCE-UNESP-Rio Claro), Curso de Pós-Graduação em Conservação e Manejo de Recursos (CEA-UNESP-Rio Claro), Curso de Pós-Graduação em Aqüicultura (Centro de Aqüicultura-UNESP-Jaboticabal), Curso de Pós-Graduação em Ciências Biológicas – Área de concentração: Zoologia (IB-UNESP-Botucatu).

No ensino de graduação o Departamento é responsável pela maior parte das disciplinas do Curso de Ecologia e participa ainda do Curso de Ciências Biológicas do Instituto de Biociências.

Os docentes de um modo geral têm desempenhado um papel muito importante em Órgãos Colegiados e Administrativos internos à Universidade: Conselho Departamental, Conselho de Curso de Graduação, Conselho de Área de Pós-Graduação, Divisão Técnica Acadêmica, Divisão Técnica Administrativa, Comissões Assessoras de Ensino, Pesquisa e Extensão, e Instituições como Prefeituras, Conselhos Estaduais de Meio Ambiente, Comitê de Bacias Hidrográficas, Conselho Gestor do Horto Florestal “Edmundo Navarro de Andrade”, ONG – Sociedade Rioclarense de Defesa do Meio Ambiente (SORIDEMA), ONG – Associação Amigos do Horto Florestal “Edmundo Navarro de Andrade” (AAMHOR).

O Departamento de Ecologia foi responsável em 1988, pela criação da Sociedade de Ecologia do Brasil (SEB), tendo como 1o. Presidente, o Prof. Dr. Nivar Gobbi.