Seguindo a criação do 1º curso de Ecologia no Brasil em 1976 na UNESP Rio Claro, o Departamento de Ecologia foi criado em 1977, para atender as demandas de ensino e pesquisa numa área da ciência então pouco conhecida. Enquanto o mundo via nesse ano a criação do 1º computador pessoal, a criação da Apple, a morte de Elvis Presley, o Brasil vivia sobre a ditadura militar do Presidente Geisel.
Com o amadurecimento da comunidade científica nacional e internacional, ficou claro que as questões ambientais seriam (e certamente são) os principais desafios do mundo moderno e a criação de um departamento de Ecologia foi um importante passo da UNESP para a agregar profissionais nessa formação.

O Departamento de Ecologia contou com importantes docentes desde a sua criação, como Prof. Dr. Leopoldo Magno Coutinho, Profa. Dra. Samia Tauk Tornisielo, Prof. Dr. José Eduardo dos Santos, Prof. Dr. Paulo Armando Morales do Nascimento, Profa. Dra. Maria Rita Mecchi, Prof. Dr. Antonio Luchesi, Prof. Dr. Armando Carlos Brandini, Prof. Dr. Perseu Fernando dos Santos, Prof. Dr. Aziz Nacib Ab’Saber, Prof. Dr. Enéas Salati, Prof. Dr. Felisberto Cavalheiro, Profa. Dra. Celina Foresti, Prof. Dr. Dercio Simões, Prof. Dr. Nivar Gobbi, Prof. Dr. Miguel Petrelli Junior, Prof. Dr. Gilberto Casadei de Baptista, Prof. Dr. Karl Rudolf Ebert, Prof. Dr. Luiz Marcelo de Carvalho, Prof. Dr. Paulo Affonso Leme Machado e Profa. Dra. Eleonore Zulnara Freire Setz.

Atualmente o departamento oferece disciplinas de graduação para os cursos de Ecologia, Ciências Biológicas e Engenharia Ambiental e para diversos cursos de pós-graduação.
A partir de 2013 parte dos docentes do Departamento estarão lecionando na PG Ecologia e Biodiversidade

Muitos docentes estão envolvidos nas mais diversas linhas de pesquisas que abrangem as distintas escalas da Ecologia, como Ecologia Molecular, Ecologia de Ecossistemas, Ecologia de Populações e Comunidades Animais e Vegetais, Ecologia Humana, Manejo de Conservação, Ecologia de Paisagens e Ecologia Global. Muitas das linhas de pesquisa visam buscar soluções práticas para o entendimento do funcionamento dos ecossistemas brasileiros e mitigar os impactos antrópicos na biodiversidade.

Em 2009, o Instituto de Biociências inaugurou as novas instalações do Departamento, que hoje conta com uma área de 1.535 m2, com amplos laboratórios, um anfiteatro, sala de professores e sala de reuniões. O Departamento possui 6 carros para coleta de dados no campo e está equipado com uma infra-estrutura ímpar no Brasil.

Atualmente o Departamento conta com 14 docentes (sendo 10 biólogos, 2 ecólogos, 1 cientista da computação e 1 agrônomo), 6 funcionários e diversos alunos de graduação e pós-graduação.