A missão do Departamento de Botânica da UNESP de Rio Claro é o desenvolvimento de atividades de pesquisa, docência e extensão em Biologia Vegetal. Suas atividades de pesquisa estão concentradas nas áreas da taxonomia, morfologia e anatomia, fisiologia e também no estudo da ecologia de diferentes formações vegetais brasileiras, principalmente a floresta atlântica, florestas sazonais, campos rupestres e os cerrados. O Departamento de Botânica tem destacada atuação didática nos cursos de Graduação em Ciências Biológicas e em Ecologia, bem como no Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, área de Biologia Vegetal. O atual corpo docente do departamento já orientou mais de uma centena de trabalhos entre dissertações de mestrado e teses de doutorado, e outras tantas que encontram-se em desenvolvimento.